Оценка генетического разнообразия скота породы герефорд на основе микросателлитных маркеров

Исследование проводили на коровах породы герефорд, относящихся к племенному ядру предприятия. Работу выполняли с целью оценки генетического разнообразия внутри племенного стада по 16 микросателлитным локусам, что необходимо для разработки эффективных программ разведения и сохранения породы. Эффективное число аллелей в среднем по группе животных составило 3,51±0,31, наибольшее фактическое число аллелей на локус отмечали в локусе CSSM66 – 6,76. Наименее полиморфными были локусы BM1818 и INRA023, для которых Ne составляло 2,06 и 1,98 соответственно. Фактические частоты аллелей подтверждают неравномерное распределение аллелей в локусах. Для наиболее полиморфного локуса CSSM66 с Na/Ne 8/6,76 частоты аллелей распределены равномерно и варьируют в диапазоне от 0,07±0,05 для аллеля 195 до 0,21±0,05 для аллеля 187. Для локуса BM2113, имеющего фактическое число аллелей 7, эффективное число аллелей составляет 4,97. Средняя наблюдаемая гетерозиготность (Ho) для исследуемой группы животных составляла 0,72±0,03 при ожидаемой 0,68±0,03 и среднем генетическом разнообразии по всем локусам 1,33±0,08. Тест Харди-Вайнберга показал соответствие большинства локусов генетическому равновесию. Однако точный тест Фишера, более чувствительный к отклонениям в небольших выборках, выявил статистически значимые отличия для локусов HAUT27, BM2113, CSSM66, INRA023, TGLA122. Проведенный анализ показывает умеренный уровень генетического разнообразия племенного стада породы герефорд, рассматриваемого в исследовании. Несмотря на наличие локусов с высоким числом наблюдаемых и эффективных аллелей, среднее эффективное число аллелей достаточно низкое. При этом уровень наблюдаемой гетерозиготности (0,72) сравним с результатами, полученными по другим стадам по породе герефорд в Сибири, что свидетельствует о достаточном уровне генетического разнообразия в исследованном стаде.

1. К проблеме сохранения, восстановления и использования генетического разнообразия пород крупного рогатого скота на территории Российской Федерации / Н. П. Сударев, С. В. Чаргеишвили, П. С. Бугров и др. // Молочное и мясное скотоводство. 2024. № 4. С. 19–22. doi: 10.33943/MMS.2024.26.69.004.

2. Результаты индексной оценки живой массы крупного рогатого скота казахской белоголовой и герефордской породы / А. Т. Бисембаев, Х. А. Амерханов, Ю. А. Юлдашбаев и др. // Российская сельскохозяйственная наука. 2023. № 6. С. 55–58. doi: 10.31857/S250026272306011X.

3. Мониторинг живой массы племенного скота герефордской породы в условиях пастбищного содержания / М. А. Барсукова, О. А. Иванова, И. А. Афанасьева и др. // Инновации и продовольственная безопасность. 2024. № 1 (43). С. 10–19. doi: 10.31677/2311-0651-2023-43-1-10-19.

4. Шевелева О. М., Бахарев А. А., Суханова С. Ф. Линейная оценка экстерьера крупного рогатого скота герефордской породы в условиях Северного Зауралья // Достижения науки и техники АПК. 2022. Т. 36. № 4. С. 112–116. doi: 10.53859/02352451_2022_36_4_112.

5. Барсукова М. А. Динамика численности и продуктивности племенного скота породы герефорд в Новосибирской области // Вестник российской сельскохозяйственной науки. 2024. № 5. С. 79–84. doi: 10.31857/S2500208224050162.

6. Сохранение генетического разнообразия крупного рогатого скота - основа успешного развития животноводства / Х. А. Амерханов, Г. С. Шеховцев, Е. М. Колдаева и др. // Молочное и мясное скотоводство. 2023. № 1. С. 3–6. doi: 10.33943/MMS.2023.61.29.001.

7. Investigation of the genetic diversity of Dagestan Mountain cattle using STR-markers / V. V. Volkova, A. S. Abdelmanova, T. E. Deniskova, et al. // Diversity. 2022. Vol. 14. No. 7. Article 569. URL: https://www.mdpi.com/1424-2818/14/7/569 (дата обращения: 11.11.2024). doi: 10.3390/d14070569.

8. Недашковский И. С., Контэ А. Ф., Сермягин А. А. Влияние уровня геномного инбридинга голштинских быковпроизводителей на изменчивость показателей экстерьера и тип телосложения их дочерей // Достижения науки и техники АПК. 2023. Т. 37. № 6. С. 66–74. doi: 10.53859/02352451_2023_37_6_66.

9. Microsatellite diversity and phylogenetic relationships among East Eurasian Bos taurus breeds with an emphasis on rare and ancient local cattle / G. Svishcheva, O. Babayan, B. Lkhasaranov, et al. // Animals. 2020. Vol. 10. No. 9. Article 1493. URL: https://www.mdpi.com/2076-2615/10/9/1493 (дата обращения: 11.11.2024). doi: 10.3390/ani10091493.

10. A panel of polymorphic bovine, ovine and caprine microsatellite markers / S. J. Kemp, O. Hishida, J. Wambugu, et al. // Anim. Genet. 1995. Vol. 26. P. 299–306.

11. Cortes O., Canon J., Gama L. T. Applications of microsatellites and single nucleotide polymorphisms for the genetic characterization of cattle and small ruminants: An overview // Ruminants. 2022. Vol. 2. P. 456–470. doi: 10.3390/ruminants2040032.

12. Genetic characterization of the local Pirenaica cattle for parentage and traceability purposes / D. Gamarra, M. Taniguchi, N. Aldai, et al. // Animals. 2020. Vol. 10. No. 9. Article 1584. URL: https://www.mdpi.com/2076-2615/10/9/1584 (дата обращения: 11.11.2024). doi: 10.3390/ani10091584.

13. Genetic diversity and population structure of selected Ethiopian indigenous cattle breeds using microsatellite markers / S. K. Bora, T. S. Tessema, G. Girmay, et al. // Genetics Research. 2023. Vol. 2023. No. 1. Article 1106755. URL: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1155/2023/1106755 (дата обращения: 11.11.2024). doi: 10.1155/2023/1106755.

14. Кузнецов В. М. Анализ полокусных оценок аллельного разнообразия STR-маркеров в выборке быков-производителей // Аграрная наука Евро-Северо-Востока. 2023. Т. 24. № 5. С. 888–906. doi: 10.30766/2072-9081.2023.24.5.888-906.

15. Gene Profile Cattle. Набор реагентов для проведения генотипирования крупного рогатого скота по 16-ти микросателлитным локусам: инструкция по применению. М.: Синтол, 2024. 41 с. URL: https://www.syntol.ru/docs/Инструкции/Gene%20Profile%20Cattle%20241024.pdf (дата обращения: 11.11.2024)

16. Jombar T. Adegenet: A R package for the multivariate analysis of genetic markers // Bioinformatics. 2008. Vol. 11. P. 1403–1405.

17. Kantanen J. Genetic diversity and population structure of 20 North European cattle breeds // The Journal of Heredity. 2000. Vol. 6. P. 446–457.

18. Characterization of the genetic structure of a Hereford breed herd based on STR loci / O. M. Sheveleva, A. A. Bakharev, M. A. Chasovshchikova, et al. // Amazonia Investiga. 2019. Vol. 8. No. 23. P. 278–285.

19. Изучение изменчивости микросателлитов при создании нового типа мясного скота Сибири / Е. А. Гладырь, Г. М. Гончаренко, П. В. Горелов и др. // Достижения науки и техники АПК. 2011. № 10. С. 30–32.

20. Ocampo R. J., Martinez J. F., Martinez R. Assessment of genetic diversity and population structure of Colombian Creole cattle using microsatellites // Trop Anim Health Prod. 2023. Vol. 53. Article 122. URL: https://link.springer.com/article/10.1007/s11250-021-02563-z (дата обращения: 11.11.2024). doi: 10.1007/s11250-021-02563-z.